De Alexander Stichting beheert een eigen collectie van ruim 2000 ikonen bestaande uit houten ikonen, bronzen reisikonen en kruizen uit de 15de tot 19de eeuw. De verzameling bestaat voornamelijk uit Russische ikonen, maar ook ikonen uit Griekenland, Bulgarije, Roemenië en Ethiopië zijn in de collectie opgenomen.

De expositiezalen zijn thematisch ingericht. Zo zijn er zalen met Christusikonen, feestdagenikonen, Moeder Godsikonen en zalen met profeten uit het Oude Testament, evangelisten, apostelen en martelaren. In diverse zalen staan vitrines met bronzen reisikonen.